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蛋白质组学和代谢组学 定量蛋白质组学 Label Free

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非标记定量技术(Label free) 是近年来重要的质谱定量方法,用来比较的样品无需昂贵的稳定同位素标签做标记,提取的蛋白直接酶解后经过质谱分析产生数据。通过软件对大规模的谱图进行归一化后,比较对应的质谱峰的强度,峰面积等一系列因素,来确定蛋白质在几组样本中的相对表达量变化。

适用范围:

1. 环境样本(土壤、污泥、海水)、肠道内容物、粪便等组间蛋白种类差异较大的样本;

2. 研究者关注点在于不同样本间的蛋白种类的差异情况;

       3. 一些水平极低的翻译后修饰类型的定量分析。

技术优势:

1. 无需使用昂贵的同位素标记试剂,实验耗费低;

2. 对样本的操作少,减少损失,最接近原始状态;

3. 不受样本条件的限制;

4。 对实验操作稳定性、重复性要求高,要求至少做三次技术重复及生物学重复。


实验流程




生信分析


送样要求

样品类型

样品要求(/组样品)

备注

蛋白质溶液

蛋白质总量≥300µg

重复实验则量翻倍,建议准备两份样品备用。

组织样品

样品总量≥0.1g

按照蛋白质组织提取效率(蛋白:组织=7%

细胞样品

细胞数量≥107

胰酶消化,按细胞冻存标准离心收集细胞即可。

体液样品

血清≥200µL,脑脊液≥200µL,尿液≥1mL ,泪液≥1mL.

 


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案例分析:通过蛋白质组学发现早期肝癌的治疗靶点

 

Nature, IF=51.577

 

结果解读:

 

 

 

参考文献:

Jiang Y, Sun A, Zhao Y et al., Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma. Nature. 2019;567(7747):257-261. doi: 10.1038/s41586-019-0987-8

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